بعد عام 2003 لجأ الحزب إلى العمل السري عاد تنظيم صفوفه وأعاد بناء شبكاته التنظيمية . في الايام الاولى للاحتلال بدأت مقاومة الاحتلال ولم تتلطخ أيادي رفاق البعث بالدم العراقي وهناك تعليمات مشدد من قيادة الحزب ومن الرفيق الأمين العام للحزب عزة أبراهيم ( حفظة الله ) بعدم التعرض للعرقيين حتى العملاء منهم وحتى المدنيين من الاجانب . وبعد هزيمة الاحتلال صدر توجية من قيادة الحزب بإيقاف كافة العمليات العسكرية . اليوم البعث موجود في كل مكان من أنحاء العراق وفي أي ظرف مناسب تراه القيادة سيظهر البعث على الساحة وسيكون البعث هو القوة الأكثر تنظيما في العراق .. تذكرت مقولة سعد بن أبي وقاص في معركة القادسية الاولى وهو يشاهد المعركة من بعيد فقد كانت به قروح في فخذيه فلم ينزل ساحة القتال ، لكنه كان يرقب القتال من بعيد ، فلما رأى أبا محجن عجب من قوة قتاله وكان أبو محجن في السجن . قال : الضرب ضرب أبي محجن ؟!! والكرُّ كرُّ البلقاء !؟ وأبو محجن في القيد !! والبلقاء في الحبس .. كل من شاهد المتظاهرين في بغداد وهم يصولون كان يقول أنهم رجال البعث .. ما جرى في بغداد ودخول المتظاهرين الى مبنى البرلمان هو ممارسة بسيطة لقيادة التنظيم في بغداد ويرى الجميع كيف كانت منضبطة وبدون عبث في محتويات المكان والكل كان يتصور إن الجماهير هي للتيار الصدري وطلبوا منه سحب أنصاره وأنسحب عدد قليل جدا من مقلدي الصدر . وكانت حناجر الشباب تهتف ( أيران برة .. برة .. بغداد تبقى حرة ) هل أتباع المنغولي الصدر وهم معروفين بولائهم الى أيران يهتفون ضد سيدهم وكانوا معرفين في التظاهرة باعتدائهم على النواب واستقبالهم للمجرم الزاملي ورفعة على الاكتاف .. زاد العملاء حيره منهم المتظاهرين يتبعون الى أي جهة سياسية .. أيها العملاء الاقزام أنهم شباب البعث شباب المستقبل أعلنوها مدوية بلا خوف ولا رهبة من سوط ظالم ولا سيف طاغية ولا لوم لائم أعلنوها بملء أفواههم (( نحن رجال البعث نحن جنود القائد أبا أحمد )) كانت متمثلة فيهم قولا وعملا . كانوا على استعداد أن يفدوا بأرواحهم وأن يرووا شجرتها الباسقة بدمائهم الطاهرة ... ولولى حلم القيادة وخوفها على الدم العراقي لكان لنا حديث أخر معكم .. ولكن اتقوا شر الحليم إذا غضب ففي ذلك قول واضح بأن الحليم قد يستطيع التحمل وكتم غضبه ولكن لكل إنسان طاقة واحتمال ، وليس هنالك من هو معصوم محفوظ إلا الأنبياء والرسل - عليهم الصلاة والسلام - فإن رأيت من حليم خلوق فلا تكثر عليه، فتصرفه بالسكوت والمسامحة يدل على قدرته على التحكم في نفسه وفي غضبه إلى حد معين ولكن إن ازداد عن ذلك فمن الطبيعي أن يغضب اذا جاك الطوفان خلي ابنك تحت رجليك .. الأمثال العراقية لم تترك تجربة او حدثا لم تتكلم عنه وتوفيه حقه ؛ وهي امثال غنية مليئة بالحكم والعبر .. وهذا المثل المذكور اعلاه يقال عندما تصبح الحديدة حارة ويشتد سعير النار، ويضيق الوقت على هؤلاء العملاء، بدء عويل الخونة والعملاء نفسي ... ثم نفسي ... ثم نفسي ... ويا كرسي ما بعدك كرسي .. العملاء وبعد إن شاهدوا قوة البعث وجماهير البعث وهي تدك قلاعهم وفي غرفة العميل الصغير سليم الجبوري وهذه العشيرة الكريمة براء من هذا العميل حاولوا أن ينسبوا هذه الجماهير الى التيار الصدري ليقللوا من حجم جماهير البعث وهم يعرفون ما تركنا لهم داخل غرفة سليم الجبوري وفي ساحة الاحتفالات .. والدليل خوفهم يوم الجمعة المصادف 6 أيار تم قطع كل جسور بغداد ونشر كل ميليشياتهم في بغداد علما إن المنغولي معتكف في طهران ولا يستطيع أن يوجه كل لأنصاره فلماذا الخوف .. اليوم نبشر كل من يريد بالعراق خيرا اليوم البعث معافا . ولسنا مستعدين أن نساوم على حقوقنا التي أقرتها قيادة قطر العراق لحزب البعث العربي الاشتراكي في رفع الحظر عن الحزب وأطلاق سراح المعتقلين وتعويض المتضررين بعد أن قدمنا الشهداء وأعتقل رفاقنا في سجون الحكومة الصفوية وبعد أن قطعت لقمة العيش عن أطفالنا ... حقوقنا واضحة ولن نتنازل عن ذرة واحدة ومن يريد أن يعرف البعث يرجع لتاريخ البعث لم تستطع سجون الطغاة والإرهاب البربري في كل الأزمنة والعهود الاستبدادية أن تفلّ من عزيمة ووعي البعثي ، وتضحيته في سبيل حزبه وشعبه . ورأيتم ماذا فعلنا بكم في دخولنا الى منطقتكم المحصنة المنطقة الغبراء ..